Medicamentos de medicina convencional
La homeopatía siempre ha mantenido que los medicamentos actúan solamente en el organismo del paciente, estimulando una reacción. Aun en el caso de procesos patológicos relacionados con microorganismos la homeopatía considera que el medicamento estimula las defensas del organismo y éstas, a su vez, actúan para suprimir los microorganismos. Si bien la medicina convencional se ha adherido generalmente a la primera de las opiniones precitadas, también figura allí la interpretación alternativa homeopática de la acción del medicamento. Durante los años 1920 y 1930, por ejemplo, se desarrolló una polémica entre los que atribuían el efecto curativo de los preparados de mercurio en la sífilis a la acción directa de éstos en la espiroqueta y los que pensaban que esos medicamentos estimulaban la reacción de defensa del huésped.

